L'IRD est un institut français de recherche scientifique internationale présent dans plus de 50 pays d'Afrique, d'Amérique latine, d'Asie et du Pacifique, ainsi qu'en France hexagonale et dans les Outre-mer. Ses recherches répondent à des besoins prioritaires : adaptation aux changements climatiques, lutte contre la pauvreté et les inégalités, préservation de la biodiversité, accès aux soins et dynamiques sociales.
L'unité de recherche DIADE étudie la biodiversité végétale, les mécanismes d'adaptation des plantes et leurs interactions avec l'environnement, avec une implantation principale à Montpellier et des activités de terrain en Afrique, Amérique Centrale et du Sud, et en Asie.
Mission : sous la responsabilité d'un chercheur IRD, intégrer des approches de génomique des populations avec des données de génomique fonctionnelle (expression des gènes, accessibilité de la chromatine, méthylation de l'ADN, annotation des régions régulatrices) afin d'identifier les facteurs génomiques et fonctionnels prédictifs des effets sélectifs des éléments transposables (ET).
Activités :
- Contribuer au second volet du projet ANR DaTEPalm sur les effets délétères des ET et leur dynamique évolutive chez le palmier dattier.
- Développer des approches statistiques reliant la distribution des ET à des variables fonctionnelles et évolutives.
- Mettre en œuvre des approches de machine learning, idéalement de deep learning, pour prédire l'impact fonctionnel des insertions d'ET.
- Produire et analyser des données RNA-seq, ATAC-seq et de méthylation de l'ADN (échantillonnage de tissus, contrôle qualité, alignement, analyses différentielles).
- Construire et analyser des réseaux de co-expression et de régulation génique ; identifier des modules fonctionnels.
- Réaliser des analyses comparatives et de modélisation évolutive (DFE) entre populations et lignées de palmier.
- Participer à l'encadrement d'un doctorant et à la valorisation des résultats.
Des sessions de terrain en France et possiblement au Moyen-Orient sont prévues. Accès aux infrastructures de calcul haute performance (Genotoul, Institut Français de Bioinformatique).
Profil recherché : doctorat (niveau 8) en biologie, biologie de l'évolution ou bioinformatique ; expertise en génomique, transcriptomique, annotation et génomique comparative ; maîtrise des outils en ligne de commande, Python, R, bash, Git et environnements de calcul en cluster ; expérience en reséquençage de génomes entiers, identification de variants, scans de sélection, inférence démographique et outils de simulation (msprime, SLiM) ; connaissance des grands génomes riches en séquences répétées et des technologies de lectures longues (PacBio, Oxford Nanopore) ; anglais B2-C1 (français apprécié). Qualités attendues : autonomie, rigueur, communication scientifique, adaptabilité, esprit collaboratif.
Avantages : télétravail 1 à 3 jours par semaine, 32 jours de congés + 13 RTT, tickets restaurant ou restauration collective, prestations sociales.
Closing date: 13/09/2026
HOW TO APPLY:
Candidature en ligne via l'espace candidat du site carrière de l'IRD (création d'un espace candidat requise). Date limite de candidature : 13/09/2026. Réf. poste 804. Type de recrutement : CDD de 18 mois, catégorie A (cadre), poste ouvert aux contractuels ; date de vacance de l'emploi : 01/11/2026.
https://emploi-recrutement.ird.fr/offre-de-emploi/emploi-chercheur-en-genomique-fonctionnelle-et-evolution-des-elements-transposables-f-h-_804.aspx